هي الجسر الواصل بين الإتحاد والنقابات العامة، ومتابعة الأنشطة المختلفة للنقابات والأداء العام مع متابعة الالتزام بالنظم الأساسية للنقابات في المجال الإداري والأنشطة المتخصصة، فضلاً عن ترتيب الهياكل النقابية وبنائها وفق ما هو وارد في قانون النقابات عام 2001م أو في دستور الإتحاد والنظم الأساسية للنقابات العامة. وربط الإتحاد بمنظمات المجتمع المدني من خلال الأنشطة المتخصصة لتلك المنظمات
كما تقوم الأمانة بتنظيم لقاءات الإتحاد والقواعد في حالات الإستنفار المختلفة ومساندة الشعوب المستضعفة والمتمثلة في الدعم السياسي أو المعنوي أو المادي فضلاً عن رعاية المبدعين من العاملين وأصحاب التخصصات النادرة في كافة المجالات مع حض العاملين على تجويد الأداء وتطويره خدمة للمقاصد السامية للحركة النقابية نحو غدٍ أفضل ومشرق للعمال والبلاد عامة.
من إنجازات الأمانة الترتيب الإداري والهيكلي للإتحاد بالإضافة لمتابعة النقابات العامة والتي امتلكت دور وامتلاك وسائل الإتصال وخلق جسر قوي بين الإتحاد ونقاباته من خلال الزيارات واللقاءات المتبادلة والمشاركة بفعالية في درء الكوارث الطبيعية وخلافة وتقديم الدعم للمتضررين . كما تقوم الأمانة بمساعدة النقابات فى توثيق علاقاتها بالإداريين والتنفيذيين لما يخدم مصالح قواعدهم.
وتسعى الأمانة لقيام منظمة "سواعد العمال لدرء الكوارث" وإنشاء صندوق لمثل هذه الظروف والمهمات. كما تعمل على تنظيم العمل بالقطاع الحر، ووضع ترتيبات إدارية وقانونية تحفظ تماسك نقابات القطاع الحر. وتوطيد العلاقات بتنظيمات المجتمع المدني، والمشاركة في دعم الشعوب المستضعفة.