تمثل أمانة علاقات العمل لُب القضية النقابية، وهي القلب والمحور الرئيسي لنشاط الإتحاد والنقابات العامة. وهي مسئولة عن كل ما يتعلق بشروط الخدمة من أجور وقوانين وبيئة العمل. كما أنها مسئولة عن المفاوضات مع القطاعين العام والخاص حول الأجور وذلك بالتنسيق مع المجلس الأعلى للأجور، والمشاركة في اللجان الثلاثية (إتحاد أصحاب العمل – الحكومة – الإتحاد العام)، وقد حققت كثير من الإستقرار. بالإضافة إلى حل المنازعات العمالية التي تنشأ على أي مستوى وفي أي رقعة من السودان.
الأمانة عضو في "اللجنة الفنية للتصرف في مؤسسات القطاع العام"، و"المجلس الأعلى للأجور"، و"اللجنة الفنية للأجور". كما أنها تشارك تحت عدة لجان حول "السلامة والأمن الصناعي"، و"مراجعة خدم المنازل"، و"تعويضات إصابات العمل".
للأمانة لجان لتعديل القوانين والاشتراك في التحكيم، وفض النزاعات، ومتابعة الاتفاقيات الجماعية على مستوى كل القطاعات التى توقع عليها النقابات والتأكد من سلامتها. حيث أن كل ما يتعلق بواجبات النقابات العامة من صميم أمانة علاقات العمل.
للأمانة العديد من الاتفاقيات الخاصة بالعمل على رفع معدلات الأجور، ومعالجة الأثر التضخمي المنعكس على العمال وتطوير إجراءات السلامة والأمن الصناعي.
تمثلت أهم إنجازات الأمانة في إنشاء صندوق لدعم المتأثرين بالخصخصة، والنهوض بصناعة الغزل والنسيج.